Cypr zaczął powstawać około 90 milionów lat temu, w późnej kredzie. Stopiona skała wydobywała się z dna morza, krzepła i budowała nową skorupę oceaniczną. Siły tektoniczne wypchnęły jej fragmenty w górę i tak powstała wyspa z ofiolitu, skały o plamistym zielonym wyglądzie, który ma przypominać skórę węża. Pozostałości tej dawnej wyspy widać w ciemnych skałach gór Troodos.
Na południu leży półwysep Akrotiri. W miocenie wokół wyspy gromadziły się młodsze osady, z których rozwinęła się druga, mniejsza wyspa. Rzeki nanosiły materiał do oddzielającej je cieśniny, aż powstały dwa tombolo, czyli lądowe mosty. Między nimi leży Słone Jezioro Akrotiri, dawniej ramię Morza Śródziemnego. Zachodnie tombolo, przy rzece Kouris, powstało pierwsze, ok. 50 tysięcy lat temu. Wschodnie odcięło morze według geologów dopiero w ciągu ostatnich 2000 lat. Jezioro zwykle napełnia się późną jesienią i zimą, a latem wysycha. Zimujących flamingów bywało średnio około 4000, ale według doniesień prasowych w 2025 roku zostało ich zaledwie 30.
W starożytności Cypr nazywano Ophiousa, czyli „krainą węży”, prawdopodobnie z powodu licznych żmij. Według legendy w czasie suszy w IV wieku cesarzowa Helena, matka Konstantyna Wielkiego, kazała sprowadzić z Egiptu statki pełne kotów. Miejsce ich wypuszczenia znane jest jako Cape Gata, czyli Przylądek Kotów. Dziś na wyspie jest więcej niż milion kotów, tyle co mieszkańców, a niewielka grupa zakonnic z klasztoru św. Mikołaja od Kotów wciąż opiekuje się setkami z nich.
